Budowa:
1454.
Kościół i klasztor oo. Bernardynów ufundowała księżna Anna Mazowiecka. Początkowo kościół otrzymał wezwanie św. Bernardyna, potem na cześć fundatorki drugie wezwanie św. Anny.
Przebudowy:
1515 - pożar kościoła i klasztoru,
1515-33 - odbudowa kościoła, który otrzymuje drugie wezwanie - św. Anny,
1578-84 - obok kościoła powstaje dzwonnica,
ok. 1620 - budowa kaplicy Kryskich,
1657 - podpalenie kościoła w czasie wojen szwedzkich,
1658-67 - odbudowa kościoła w stylu barokowym, w przeciwieństwie do zniszczonego kościoła nie posiadał już wież zdobiących elewację. W odbudowie kościoła brał udział T.L. Boratini i J. Ch. Gisleni.
1668-1750 - długotrwałe prace budowlane przy świątyni, dobudowano m.in. kruchtę z dwiema wieżami (być może autorstwa Tylmana z Gameren), początkowo nakryte dachem, po 1734 zwieńczone latarniami (autorstwa Jakuba Fontany?)
1783 - podwyższenie dzwonnicy,
1788 - budowa nowej elewacji kościoła według projektu Ch.P. Aignera wykonanego na podstawie koncepcji Stanisława Potockiego,
1821 - przebudowa dzwonnicy w stylu neorenesansowym.<
1864 - kasata zakonu bernardynów - kościół przechodzi administracyjnie pod zarząd katedry św. Jana.
Zniszczony:
w 1939 i w 1944 spalony dach.
Po 1939 i po 1945 zabiezpieczony prowizorycznym dachem (prace pod kierownictwem konserwatorki kościoła B. Trylińskiej).
Odbudowa:
pod kierownictwem Beaty Trylińskiej rozpoczęta w 1945.
W 1949 zauważono osuwanie się kościoła spowodowane przebiciem trasy W-Z. Osuwanie się skarpy zostało powstrzymane dzięki wzmocnieniu jej m.in. słupami żelazo-betonowymi.
